L'organismo preposto alla guida della cooperativa e' il Consiglio di Amministrazione, composto da 30 membri rappresentativi del territorio in cui sono presenti i punti di vendita di Nova Coop ed eletti nelle Assemblee con mandato della durata di 3 anni di carica.
 
Il compito del Consiglio di Amministrazione e' di assumere gli indirizzi strategici di sviluppo della cooperativa e di controllare i risultati di gestione. Al Consiglio compete la definizione delle politiche d'impresa (commerciale, sociale, risorse umane e tecniche, sviluppo, amministrazione).
Il Collegio Sindacale composto da 3 membri effettivi e 2 supplenti svolge funzione di controllo sulla tenuta della contabilita' e dell'amministrazione e di vigilanza sull'osservanza delle norme di legge.
I soci si riuniscono in Assemblea per discutere ed approvare il bilancio di esercizio e per l'elezione dei Consiglieri di Amministrazione e dei Sindaci e vengono convocate separatamente presso i Presidi soci per favorire la partecipazione. Le Assemblee separate nominano i delegati a rappresentare le decisioni votate presso l'Assemblea generale.